服装や食事も当時の資料に基づいて再現しています。

常設展示　明治の監獄体験

長崎湾の入口に位置する伊王島に建設されたカトリック教会堂の一つ。フランス人宣教師ブレル神父の指導のもと、大浦天主堂建設に携わった地元大工の大渡伊勢吉によって建設されました。正面の鐘楼と入口土間は、昭和20年代に信者の浄財を元に増築されたものです。
木造平屋建ての入母屋造り、桟瓦葺きでありながら、内部は後期ゴシック様式で、身廊と側廊をもつ三廊式（バシリカ式）。身廊の天井は後期ゴシックの教会堂の交差リブボールト天井を模して漆喰塗で作られています。

大明寺聖パウロ教会堂

明治政府が中央図書館として建てた内閣文庫庁舎の主屋部分。内閣文庫とは明治6年（1873）、赤坂離宮内に「太政官文庫」という名で開設された明治政府の図書館です。江戸幕府から引き継いだ古文書に加え、各地の古文書や海外の書籍が買い足され、蔵書の内容は充実していきました。
設計者は後に国会議事堂の建設を指揮することになる大熊喜邦。ルネッサンス様式を基調とした石と煉瓦で造られた建築で（移築時に構造は鉄筋コンクリート造に変更）、4本の円柱と2本の角柱が巨大なペディメントを受けている正面は、古代ギリシャ・ローマの神殿建築を思わせる姿です。この事務棟の背後に煉瓦造の書庫棟が建っていました。

内閣文庫